斯金納實(shí)驗系統的任務(wù)模式大部分建立在動(dòng)物對獎賞渴望的心理因素上。進(jìn)行任務(wù)前一周左右，先將動(dòng)物進(jìn)行饑餓處理，使動(dòng)物體重控制在原有的85%-90%之間，以保證動(dòng)物有動(dòng)機去主動(dòng)學(xué)習，完成任務(wù)。任務(wù)模式分為不同階段，可由淺入深，逐步讓動(dòng)物學(xué)習。
一階段：讓動(dòng)物學(xué)會(huì )如何獲得獎賞。在動(dòng)機的驅使下，動(dòng)物會(huì )本能的不停探索箱子內部。程序可以設置為感應到動(dòng)物嘴巴靠近獎賞口時(shí)，機器自動(dòng)給予一定時(shí)間或者體積的獎勵。一般三天之內，動(dòng)物就可以熟練獲得獎勵（以規定時(shí)間內動(dòng)物達成一定獎賞次數為標準）。
二階段：增加更多操作性行為，例如壓桿，觸屏等，使相應行為與獎賞聯(lián)系起來(lái)。例如實(shí)驗可以設計為屏幕隨機出現一個(gè)圖形?；趧?dòng)物探索的本能，當重復之前的行為得不到獎賞后，動(dòng)物會(huì )進(jìn)一步探索，相較之前的箱體環(huán)境，圖形屬于新鮮元素，當動(dòng)物觸摸圖形，以獎賞作為反饋激勵動(dòng)物學(xué)習。實(shí)驗任務(wù)一般會(huì )在規定時(shí)間內，設置一定的trail次數，每次trail之間會(huì )設置隨機時(shí)間間隔，減少動(dòng)物隨機行為對數據的干擾。依據不同實(shí)驗需求，可改變獎賞概率，任務(wù)難度等。逐步將需要付出的行為依比率增加，例如鼻觸次數，壓桿次數等。為激勵動(dòng)物做出行為，可將獎賞也按照相應比率增加。
相較于常見(jiàn)的行為學(xué)系統，斯金納實(shí)驗系統實(shí)驗數據的評估方式更加豐富，訓練方式種類(lèi)多，更有利于研究多個(gè)腦區之間的投射關(guān)系。除了依據實(shí)驗范式得到行為的判斷指標之外，通過(guò)全程的軟件數據記錄，可以分析動(dòng)物任務(wù)表現中的注意力，動(dòng)機等多種指標。
